在自然人电子税务局扣缴端实行逾期申报可遵循以下步骤：
1. 系统：利用单位申报密码自然人电子税务局（扣缴端）。
2. 人员信息采集：点击【人员信息采集】，添加或导入逾期申报人员的个人信息，并点击【报送】。
3. 专项附加扣除信息采集：若有专项附加扣除点击【专项附加扣除信息采集】添加或导入相关信息，并点击【报送】。
4. 选择申报类型：依据逾期申报的税种选择【综合所得申报】、【分类所得申报】或【非居民所得申报】。
5. 填写申报表：添加或导入对应的申报表，依照实际情况填写相关信息。
6. 发送申报：点击【申报表报送】，然后点击右上角的【发送申报】，系统会自动获取反馈。
7. 缴纳税款：申报成功后，若有税款，点击【税款缴纳】，选择合适的缴纳方法实行扣款。
8. 完成申报：税款缴纳完成后，可在【查询统计】中查看申报记录并打印完税证明。
逾期申报时，需留意依照税务机关的规定，可能需要缴纳滞纳金或接受相应处罚。
